技术支持日志2026.7.16——PDB文件改配体名称后无法被gromacs识别

从MOE中将小分子导出成PDB文件以后。文件的格式普遍为如下但是为了能够在gromacs里保有标签客户普遍会把*修改成小分子名称如18H。报错如下该 Bug 的根本原因是在修改配体残基名时破坏了 PDB 文件的固定列格式导致 ACPYPE 无法正确解析原子坐标。PDB 文件并不是普通的空格分隔文本而是严格的固定宽度格式。其中第 18–20 列残基名称 第 31–38 列X 坐标 第 39–46 列Y 坐标 第 47–54 列Z 坐标原始文件中的配体残基名为*其在 PDB 残基名字段中的实际形式为 *该字段本身占用 3 个字符。当使用普通文本编辑方式将单字符*直接替换为三字符18H时相当于在原位置额外插入了两个字符而不是覆盖原有的三字符字段。因此链编号、残基编号以及后续的 X、Y、Z 坐标字段均整体向右偏移了两列。因此。我们需要保证每一行的字符数保持在80个字符。因此每一行删去两个空格即可。